شماری از فعالان جامعه مدنی و حقوق بشر افغانستان با نشر گزارشی گفته‌اند که از طی دوونیم سال از تسلط حکومت سرپرست در افغانستان، حدود ۸۸ هزار و ۴۵۵ مورد سوءاستفاده جنسی افراد حکومت از زنان در سراسر کشور ثبت شده است. فعالان جامعه مدنی و حقوق بشر افغانستان با نشر گزارشی ۴۷ صفحه‌ای دوونیم سال تسلط حکومت سرپرست را مورد بررسی قرار داده‌اند. در گزارش آمده است که در این مدت حدود ۱۴ هزار و ۸۱۲ مورد سوءاستفاده جنسی از کودکان نیز ثبت شده است. آنان در این گزارش از ناپدید شدن زنان و مردان غیرنظامی ابزار نگرانی کرده‌اند. فعالان جامعه مدنی و حقوق بشر افغانستان تاکید کرد که طی دو سال از عمر حکومت سرپرست، دست‌کم ۷۰ هزار و ۳۰۵ واقعه‌ی ناپدید شدن زنان و مردان غیرنظامی رخ داده است. آنان می‌گویند که رویدادهای گزارش شده در این تحقیق شامل زنانی است که به «برد‌گی» گرفته شده یا به مکان‌های نامعلوم منتقل می‌شوند و مردان غیرنظامی که توسط افراد حکومت سرپرست هدف قرار گرفته‌اند. به گفته‌ی آنان، این عمل‌کرد حکومت سرپرست «نقض قابل توجه حقوق اولیه بشر» است و باید به آن به‌گونه فوری رسیدگی شود. این در حالی است که پیش از این نیز نهادهای بین‌المللی در مورد نقض حقوق بشر به‌ویژه حقوق زنان و دختران از سوی حکومت سرپرست در افغانستان ابراز نگرانی کرده‌اند. در حالی فعالان جامعه مدنی و حقوق بشر افغانستان از نقض گسترده‌ی حقوق زنان خبر می‌دهند که بیش از دو سال می‌شود که حکومت سرپرست دختران بالاتر از صنف ششم را در افغانستان از رفتن به مکتب منع کرده است. وزارت تحصیلات عالی حکومت فعلی، زنان و دختران افغان را از تحصیل در دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی نیز بازداشته است. این اقدام حکومت فعلی باعث شده است که میلیون‌ها دانش‌آموز دختر از آموزش باز بماند. در کنار آن زنان از رفتن به باشگاه‌های ورزشی، رستورانت‌ها، حمام‌های عمومی، معاینه توسط پزشکان مرد، سفر بدون محرم و کار در موسسات غیردولتی داخلی و بین‌المللی و حتی دفاتر سازمان ملل در افغانستان منع شده‌اند. علی‌رغم واکنش‌ها و محکومیت‌های جهانی، حکومت سرپرست تا اکنون از تصمیم‌شان درباره‌ی آموزش زنان و دختران عقب‌نشینی نکرده‌اند. حکومت فعلی کار زنان در ادارات دولتی و غیردولتی را نیز منع کرده است.