شورای مقاومت ملی برای نجات افغانستان، حکومت سرپرست را به جنایت‌های «پاکسازی قومی»، «نسل‌کشی» و «نابودسازی فرقه‌ای» در سال ۱۳۷۷ در شهر مزارشریف متهم کرده و گفته است که حکومت فعلی در حال حاضر نیز مصروف تصفیه قومی در کشور می‌باشد.
شورای مقاومت ملی امروز (سه‌شنبه، ۱۷ اسد) با نشر اعلامیه‌ای به مناسب یادبود از قربانیان نسل‌کشی ۱۷ اسد ۱۳۷۷ شهر مزارشریف، مرکز بلخ، گفته است که حکومت فعلی ۲۵ سال پیش در چنین روزی دست به جنایات بشری زده بود.
در ادامه آمده است که حکومت فعلی با تسلط بر شهر مزارشریف در سال ۱۳۷۷ خورشیدی، به اهالی غیرنظامی شهر حمله‌ور شده و چندین روز به قتل‌عام مردم ملکی، به‌شمول زنان و کودکان پرداخته‌اند.
شورای مقاومت ملی برای نجات افغانستان تاکید کرد که حکومت فعلی آن وقت، بدترین جنایت ضد بشری را علیه مردم هزاره و شیعه انجام داده بود.
در اعلامیه‌ی این شورا آمده است: «یکی از مسوولان بلندپایه‌ی حکومت فعلی در آن زمان هزاره‌ها را نامسلمان دانسته و فتوای قتل‌عام آنان را صادر نموده بود که مصداق عینی پاکسازی قومی، نسل‌کشی و نابودسازی فرقه‌ای در کشور ما بوده است.»
این خاطرنشان کرده است که حکومت فعلی اکنون نیز در نقاط مختلف کشور مصروف تصفیه قومی هستند.
این شورا با استناد به گزارش سازمان دیدبان حقوق بشر نوشته است که در آن زمان در جستجوی خانه‌به‌خانه، صدها مرد و پسر هزاره اعدام شدند و گزارش‌هایی مبنی بر کشته‌شدن هزاران نفر در این شهر نیز وجود دارد.
شورای مقاومت ملی برای نجات افغانستان تاکید کرده است که حکومت فعلی اکنون و پس از ۲۵ سال، در مناطق مختلف کشور، از جمله ولایت‌های شمال، کابل، مناطقی از ولایت‌های جنوب و ولایت‌های مرکزی «جنایات مشابهی» را مرتکب شده و شهروندان کشور را در مقابل چشمان خانواد‌های‌شان به رگبار بسته‌اند.
در ادامه آمده است که حکومت فعلی به‌دلیل ارتکاب «جنایات ضدبشری»، از جمله «سرکوب، شکنجه، قتل، حذف سیاسی، قومی و مذهبی» مستوجب مجازات و تحریم‌های بیشتر هستند، نه این‌که با آنان تحت عنوان‌های مختلف «تعامل پنهانی» صورت گیرد.
این درحالی است که براساس گزارش نهادهای معتبر حقوق بشری، حکومت سرپرست در آن وقت با تصرف دوباره شهر مزارشریف در سال ۱۳۷۷ خورشیدی دست به «کشتار هزاران غیرنظامی به ویژه به مردم هزاره و شیعه » ساکنان شهر زد.
دیدبان حقوق بشر در گزارشی که در ۱۰ نوامبر ۱۹۹۸ میلادی منتشر کرده بود، از کشتار غیرنظامیان توسط حکومت فعلی در مزارشریف سخن گفته بود و طبق این گزارش، «حکومت فعلی تا توانستند دست به کشتار مردم زدند» و آنچه در شهر مزارشریف رخ داد، «وحشتناک» بود
